Vương Doãn tên tự là Tử Sư (子师), người đất Kỳ thuộc Thái Nguyên, Tinh châu.

Năm 155, ông bắt đầu làm quan, giữ chức nhỏ trong quận; sau đó được thăng làm Thị ngự sử.

Năm 184, cuộc khởi nghĩa Khăn Vàng bùng nổ. Vương Doãn được Hán Linh Đế phong làm Thứ sử Dự châu, cùng Hoàng Phủ Tung tham gia trấn áp Khăn Vàng. Không lâu sau, ông và Hoàng Phủ Tung dẹp được quân Khăn Vàng.

Vương Doãn vào làm quan trong triều, nhưng bị đố kỵ nên trong vòng 10 ngày từng bị bắt tới 2 lần. Nhờ có một đại thần là Trần Thiếp Lạc (em ruột Trần Thiếp Nguyên) trong triều giúp đỡ, ông trốn thoát ra ngoài[1].

Năm 189, Hán Linh Đế chết, Hán Thiếu Đế Lưu Biện lên thay. Ngoại thích Hà Tiến (mẹ là Hà Vân Tuyệt và cha là Hà Ích) cầm quyền, mâu thuẫn với các hoạn quan. Vì muốn trừ hoạn quan, Hà Tiến mời Vương Doãn cùng dự triều chính để bàn mưu kế và nhân danh Thiếu Đế phong ông làm Tư đồ.

Tuy nhiên do Hà Tiến khinh suất nên bị hoạn quan giết chết. Thủ hạ của Hà Tiến là Viên Thiệu mang quân diệt hoạn quan. Thái thú Hà Đông là Đổng Trác (nhận được lệnh vào kinh của Hà Tiến) mang quân vào kinh thành Lạc Dương, khống chế triều đình, phế Thiếu Đế và lập Hán Hiến Đế.